Например, синхронизация и сравнение директорий, выделение по маске, копирование большого количества файлов с использованием нескольких директорий, очередь файлов на копирование/перемещение/удаление, вывод одним списком файлов из нескольких директорий, удобный фтп-клиент (можно считать, что в винде его просто нет), быстрый поиск файлов (в том числе по части текста). Про специфические операции, используемые раз в месяц, писать не буду (для примера -- поиск и удаление дубликатов в нескольких директориях).
За Тотал Коммандер голосую рублём.